يعتبر نهر النيل المصدر الرئيسى للمياه العذبة فى مصر.وقد حددت اتفاقية مياه النيل بين مصرو السودان عام 1959 نصيب مصر من هذه المياه بمقدار 55.5 مليار متر مکعب سنويا. ادى بناء سد اسوان العالى فى عام 1968 إلى خلو مياه النيل من الطمى حتى فى اوقات و خلال موسم الفيضان. إلى جانب ذلک فأن مصر تواجه تحديا کبيرا من جهة محدودية نصيب مصر من مياه النيل وکذلک من جهة حدوث تغيرات ملحوظة فى نوعية المياه فى المجرى الرئيسى فى الوادى و فى الدلتا.ويعزى ذلک إلى ادخال التصرفات السائلة فى مياه النهر. وتشمل مصادر هذه التصرفات السائلة کل من مياه الصرف الزراعىوکذلک المخلفات السائلة للأنشطة المنزليةوللأنشطة الصناعية.وقد واجهت الحکومة المصرية هذا التحدى بإصدار قانون 48 لعام 1982وکذلک المرسوم رقم 8 لعام 1983 بهدف حماية مياه نهر النيل و المجارى المائية من التلوث. تشير نتائج الدراسات التى اجرتها معاهد البحوث و المراکز البحثية فى کل من الوزارات المعنية و فى الجامعات إلى حدوث انخفاض فى نوعية مياه نهر النيل.وقد وجد ان ذلک لم يؤثر بدرجة کبيرة على نوعية المياه فى الوادى و لکن کان التأثير اکثر سالبيه على نوعية المياه فى الدلتا.وقد اعزى ذلک إلى السعة العالية للنهر فى مجرى الوادى على التمثيل الحيوىوالفيزيائى لکل من الملوثات العضويةوالغير عضويةوالميکروبية مما ادى إلى ان تکون قيم کل من ترکيز الأکسجين الذائب والأکسجين المستهلک الکيميائى والأکسجين المستهلک الحيوى وکذا عدد بکتريا القولون متوافقة مع معايير قانون 48/1982وکذا المرسوم رقم 8/1983.
وعلى الجانب الأخر کان ترکيز الأکسجين المستهلک الکيميائى مرتفعا فى مياه فرعى دمياط ورشيد لدلتا النيل وقد وجد ان مياه هذين الفرعين يستقبلان مياه صرف زراعى تحتوى ترکيزات مرتفعة من الملوثات العضوية والغير عضوية وکذلک الحيوية المسببة للأمراض.وقدوجد ان المصادر الرئيسية للتلوث هى المصارف الصغيرة المنتشرة بکثافة فى احواض المصارف الرئيسية المجمعة لمياه هذه المصارف. ادى ذلک إلى زيادة تلوث مياه المصارف الرئيسية إلى الحد الغير مسموح به لأجراء عمليات الخلط مع المياه العذبة للترع الرئيسية. ولکى يجرى تحسين لنوعية مياه المصارف الرئيسية يجب معالجة مياه المصارف الصغيرة. ونظرا لعدم امکانية انشاء معالجة تقليدية لمياه الصرف هذه بسبب اعدادها الکبيرةوکذا انتشارها فى تجمعات سکانية صغيرة فأنه يلزم البحث عن طرق معالجة بديلة. على ذلک فالمقترح هو انشاء نظم معالجة غير تقليدية لمياه المصارف الصغيرة قبل ان تصب فى المصارف الرئيسية. و يعتبر نظام الأرض الرطبة للمعالجة هو الأکثر قبولا تحت الظروف المصرية. حيث اثبتت کفائه عالية فى ازالة نسبة مرتفعة من کل من الکائنات الحية الميکروبية المسببة للأمراض الأکسجين المستهلک الکيميائي الأکسجين المستهلک الحيوى وکذا زيادة ترکيز الأکسجين الذائب. ويمتاز نظام الأرض الرطبة لمعالجة المياه العادمة بأنه ذات کفائه عالية لإزالة الملوثات وکذا سهل الإنشاءو الترکيب والصيانة کما انه لا يحتاج إلى رأس مال کبير حيث انه منخفض التکلفة.